清代，乾隆皇帝为其母亲做寿而两次重修五塔寺，并将最为热闹繁华的场景绘成了画，可从画中看到当年五塔寺作为皇家寺院的与华丽建筑格局和宏大气势。
到了民国初期，五塔寺在一片瓦砾中仅剩孤零零的塔身，宝塔上的铜制鎏金塔刹也多次被盗，后来，当时的北平政府对寺院进行了修缮，和塔同龄的两株银杏树得以保存。
